Avant de cofonder leur propre label, Greg Anderson et Stephen O'Malley étaient amis et membres des groupes Thorr's Hammer et Burning Witch. Ils forment un nouveau groupe nommé Sunn O))) en 1998 et déménagent à Los Angeles. Ils créent Southern Lord afin de contrôler la sortie de leurs propres enregistrements[1],[2]. Le nom du label est une référence à Satan[3].
La première sortie de Southern Lord est la version CD (précédemment sortie en cassette) de Dommedagsnatt de Thorr's Hammer - un album de doom/death metal avec des paroles norvégiennes. La deuxième sortie est Crippled Lucifer de Burning Witch, une compilation des deux premiers EP du groupe[4]. Southern Lord sortira aussi des morceaux du dernier groupe d'Anderson et O'Malley, Sunn O))) en 2002. Sunn O))) est chroniqué à plusieurs reprises par Ben Ratliff du New York Times[5],[6],[7].
Le catalogue du label continue de s'étoffer avec des sorties doom notables telles que As Heaven Turns to Ash de Warhorse et With Vision de Place of Skulls Nailed, ainsi que les albums de Goatsnake, le groupe d'Anderson. Il a également élargi sa palette musicale en publiant la musique de Darkest Hour, Orcustus et Probot, le projet parallèle de Probot[8].
Le groupe Earth rejoint la famille Southern Lord en 2005, poursuivant l'implication de Southern Lord dans la musique drone et doom[8]. Les sorties de Earth, Sunn O))) (y compris le très loué Monoliths and Dimensions), et une série de vinyles de Boris pour accompagner l'album Smile ont lieu à la fin de la décennie[9]. Le , le label célèbre le Record Store Day 2022 avec la sortie de Forest Nocturne de The Lord (autre surnom de Greg Anderson) et la réédition l'EP Hunted Down des Catatonics[10].