L'édition 1945-1946 de la Southern League Cup est la sixième et dernière édition de cette compétition créée pendant la Seconde Guerre mondiale pour compenser l'arrêt des compétitions de la Scottish Football League[1].
Elle met aux prises les 30 clubs membres de la Southern League (les 16 initiaux plus les 14 qui les ont rejoints cette année-là en provenance de la North Eastern League (en)) avec en plus Stirling Albion, dans une compétition commençant par une phase de poules (7 groupes de 4 et 1 groupe de 3, le club terminant premier se qualifiant pour la suite de la compétition) et se poursuivant par des matches à élimination directe sur terrain neutre, à partir des quarts de finale.
Phase de poules
Groupe A
Groupe B
Groupe C
Groupe D
Groupe E
Groupe F
- Play-off de qualification
Groupe G
Groupe H
Phase à élimination directe
Quarts de finale
Demi-finales
Finale
Notes et références