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En génétique, une souche pure est la situation idéale d'une population dont tous les individus possèdent le même génotype dont tous les gènes sont homozygotes.
En sélection animale ou végétale, l'utilisation de souches pures au plus près du sens génétique est l'assurance que le phénotype d'une génération n+1 sera identique à celui de la génération n ; les variations ne pourront provenir que de mutations, car le brassage génétique est sans effet entre individus de même génotype.
