Le premier président du club est Eustaquio López Boto.
Lors de la saison 2004-2005, le club gagne son premier titre de champion du Groupe II de Segunda División B.
Lors de la saison 2005-2006, l'équipe obtient la promotion en Segunda División (D2) pour la toute première fois de son histoire, après des barrages remportés contre l'Universidad Las Palmas et l'Alicante CF. Le club est toutefois relégué en Segunda División B la saison suivante, en se classant 20e du championnat.
En , la Ponferradina monte en Segunda División pour la troisième fois de son histoire. L'équipe se classe 7e de ce championnat en 2013, puis à nouveau en 2015, ce qui constitue sa meilleure performance. L'équipe est de nouveau reléguée à l'issue de la saison 2015-2016.
Le club retrouve la D2 en .
Stade
Le stade El Toralín est inauguré le lors d'un match amical face au Celta Vigo. C'est un stade conçu pour le football comptant 8 400 places assises. Il remplace l'ancien stade de Fuentesnuevas.