L'équipe est fondé le . Elle est promue dans le groupe Baléares de Tercera División lors de la saison 1985-1986. Avec l'aide d'Antonio Arabi Serra, ancien joueur de l'Espanyol de Barcelone, l'équipe joue sa première saison en Segunda División B lors de la saison 1993-1994. L'équipe de "Villa del Río", qui est également le nom de la municipalité de Santa Eulalia del Río (Baléares) à laquelle le club appartient, passe en Segunda División B grâce à la relégation pour joueurs non rémunérés du SD Ibiza lors de la saison 1992-1993. Cependant, l'équipe avec un effectif formé pour la troisième division a du mal à se renforcer pour le nouvel échelon, souffrant beaucoup lors de la phase aller. Finalement, l'équipe termine 18e, et se voit reléguée en Tercera División. Elle se retrouve comme l'une des rares équipes, sinon la seule de la catégorie, avec un excédent budgétaire.
L'équipe a du mal à revenir en Segunda División B au cours des années suivantes, restant toutefois en tête de son groupe. Pendant trois saisons consécutives, le club réussit à se qualifier pour les barrages de promotion, en menant deux fois la phase régulière, mais sans réussir à atteindre l'objectif de montée. Après avoir été en tête du groupe Baléares de Tercera División, le club obtient la promotion en Segunda B lors de la saison 2007-2008, mais se voit relégué en Tercera División en fin de saison, en se classant 19e.
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