Faisant face aux conséquences de l'affaire du tueur en série de prostituées, Linden et Holder enquêtent sur le meurtre des membres de la famille Stansbury, dont le fils, Kyle, a survécu à ses blessures, qui est soupçonné des crimes avant de tenter de suicider. Les policiers questionnent le colonel Margaret Rayne, directrice de l'école militaire où est scolarisé Kyle, qui affirme qu'il est incapable d'être violent. Parallèlement, Holder apprend que sa petite amie, la procureur Caroline Swift, est enceinte.
De retour à l'académie militaire St. George, Kyle est persécuté par un camarade, Lincoln Knopf. Au cours de leur enquête, Linden et Holder découvre que la sœur de Kyle, Phoebe, était une exhibitionniste et l'interroge. Kyle leur dit qu'il a dit a ses parents, mais en guise de représailles, Phoebe avait coupé les cordes de son piano. Connaissant la vie de famille dysfonctionnelle, Linden croit l'adolescent. La police a découvert les empreintes digitales de Katrina Nelson, qui avait agressé le père de Kyle, dans la maison. Lorsqu'ils essayent d(interroger Kyle à ce sujet, Linden et Holder sont interrompus par Rayne, menaçant Linden de porter plainte. Le soir, Katrina se rend à l'académie pour retrouver Kyle, qu'elle connaît bien, afin de lui dire que sa famille a eu ce qu'elle mérite.
Reddick interroge Linden à propos de Skinner. Elle admet avoir eu une aventure avec lui, mais suggère à Reddick d'essayer d'appeler Skinner pour en savoir plus. Peu après, Linden surveille la maison des Skinner, surveillant la fille, Bethany, qui porte sans le savoir la bague d'une des victimes.
La santé mentale de Linden se dégrade, l'obligeant à suggérer à Holder de se rendre. Mais Holder lui dit de laisser passer, après lui avoir annoncé qu'il allait être père. Lorsque Knopf annonce à Rayne qu'il a vu Katrina discuter avec Kyle au dortoir, le colonel tente d'obtenir l'aide de Linden. Katrina est retrouvée et interrogée par Linden, qui admet avoir été dans la maison la nuit des meurtres. La policière interroge Kyle afin de lui faire retrouver la mémoire sur cette nuit-là. Il avoue détester son père, mais affirme ne pas être le coupable.
Au cours de leurs investigations, Linden et Holder apprennent que la mère de Kyle a été renvoyée de son travail au lycée pour avoir couché avec Knopf. Holder devient nerveux quand Reddick lui apprend qu'il a demandé à la femme de Skinner à propos de la maison du lac. Mais Reddick lui dit ainsi qu'à Linden que Skinner a envoyé un texto à sa fille. Linden a en effet gardé le portable de Skinner et envoyé le message. À la réunion des Narcotiques Anonymes, où se trouve un indic de Reddick, Holder fait presque des aveux devant son groupe. Linden se rend à la maison du lac et jette le portable de Skinner vers le lac, mais la femme de Skinner, à l'intérieur de la maison, la remarque.
Linden et Holder interrogent Knopf, qui avoue avoir une arme à feu chez ses parents. Cependant, Holder se montre tellement désagréable envers la mère de Knopf qu'elle menace de déposer plainte. Linden demande à son partenaire s'il a replongé dans la drogue. À l'académie, Kyle doit supporter une forme d’initiation de Knopf et de son supérieur, A.J. Fielding. Venu chez chercher son fils Jack, en vacances, chez Regi, Linden, énervée, se dispute avec elle. Plus tard, Holder s'excuse auprès de sa collègue. Ils remettent en question l'alibi de Kyle après avoir appris qu'il avait cassé le poignet de sa mère. Kyle leur dit qu'elle voulait une faveur sexuelle avec lui.
Rayne débarque et arrête l'interrogatoire. Une piste mène les policiers sur une voiture correspondant à celle aperçue au domicile des Stansbury le soir du massacre. Dans sa chambre, Kyle trouve un plan de sa maison, une arme à feu et une note : « Continue ce que tu as commencé ». Reddick rassemble des indices sur la disparition de Skinner qui le conduisent au lac. Holder prévient Linden, qui se rend au lac, où sont découverts des sacs rouges contenant des corps et la voiture de Skinner.
Bien que le corps de Skinner est retrouvé, Linden pense que Reddick n'a que des preuves circonstancielles, demandant à Holder de tenir bon. Holder découvre le cadavre de Kallie Leeds à la morgue. Reddick dit sa théorie à Linden concernant Skinner, qui ajoute qu'il ne l'a pas arrêté. Mais Reddick lui affirme qu'Holder a avoué le crime à sa réunion des Narcotiques anonymes. À l'académie, Knopf dit à Kyle de chercher dans la chambre de Fielding, où il trouve le plan de son domicile. Après avoir découvert que la voiture vu le soir du crime appartenait à Rayne, Holder et Linden l'interrogent, mais fournit un alibi. Linden lui rappelle une mission en Irak qui s'est mal déroulé. Linden rend visite à sa mère biologique pour lui demander de prendre Jack en charge si quelque chose devait lui arriver et de discuter de son enfance, parvenant à une forme de réconciliation. Linden envoie Jack prendre son avion pour vivre avec son père. Reddick offre un accord à Holder s'il coopère, après lui avoir dit que Linden ait été vu au bord du lac, ce qui a conduit au dragage. À l'académie, Kyle remarque des similitudes d'un bizutage et le sien la nuit du crime. Il est révélé que Rayne, Knopf et Fielding complotent pour savoir ce que Kyle se souvient. Kyle, intimidés par le cadet, pense obtenir l'aide de Rayne, mais voyant qu'elle pourrait être leur complice, il fuit à nouveau, poursuivi par Fielding et Knopf, qui tentent de l'abattre.
Holder dit à Caroline qu'il doit faire un choix entre lui et Linden. Caroline lui dit que son futur enfant est le plus important. Traqué, Kyle contacte Linden, qui le cache chez elle. Il dit que Fielding, Knopf et Rayne sont les meurtriers. Knopf suggère à Rayne d'abattre Kyle, mais cette dernière refuse et les menace, notamment en leur parlant de sa voiture volée le soir des meurtres. Arrivés à l'académie, la police découvre que Rayne a abattu Fielding et Knopf. Rayne avoue les crimes et Linden comprend que Kyle est son fils, qu'elle a abandonné. Linden veut arrêter Rayne pour tous les crimes, mais Holder veut arrêter Kyle pour les meurtres de sa famille. Linden pointe son arme sur Holder afin de l'en empêcher et pensant même qu'il a travaillé contre elle en la balançant, mais le laisse partir. Linden emmène Kyle chez lui, où il prend conscience qu'il a en effet lui-même tué ses parents et ses sœurs. Fielding et Knopf, présents sur les lieux ce soir-là, ont fui quand Kyle a commencé à tirer. Peu après, Kyle est arrêté. Au commissariat, Linden avoue avoir tué Skinner à Reddick et innocente Holder. Toutefois, le maire Richmond débarque et étouffe la confession de Linden, en lui disant que la mort de Skinner est jugé comme un suicide et qu'aucun tueur de flic ne ternira pas l'image d'un autre flic ou de Richmond. Libre, Linden décide de démissionner.
Cinq ans plus tard, Holder vit séparé de Caroline et partage la garde conjointe de leur fille, Kalia. Linden retourne à Seattle et retrouve Holder pour s'excuser de n'avoir pas cru en lui, car il était son seul ami. Elle lui dit qu'elle a beaucoup voyagé maintenant que Jack est à l'université et décide de quitter Seattle, une « ville morte » pour elle. Holder la convint de rester, mais elle décide de partir. Cependant, elle revient sur sa décision pour lui.
