La première partie de championnat n'est guère réjouissante. Les Girondins connaissent un début de saison poussif (marqué notamment par une élimination précoce en 1/16e de finale de la Coupe de Ligue) malgré une amélioration des résultats à l'approche de la trêve hivernale. Avant la reprise des compétitions, Mariano, brésilien évoluant à Fluminense (Brésil) rejoint les Girondins de Bordeaux pour 3 ans et demi pour 3M d'euros. Le lillois, Ludovic Obraniak à qui il ne restait que 6 mois de contrat est recruté contre 1 million d'euros par les Girondins afin de renforcer le secteur offensif.
Après une qualification face à l'AS Saint-Étienne en Coupe de France au stade des 1/32e de finale, les Girondins voient leur parcours se terminer en huitièmes de finale où ils sont éliminés par Lyon sur le score de 3-1 après prolongations. Le trophée échappe une fois encore aux Girondins qui n'ont plus remporté la compétition depuis 1987.
Après un beau mois de février durant lequel les Girondins battent successivement Toulouse, Lille et Lyon, les Girondins connaissent un parcours plus mitigé en mars qui les éloignent à nouveau des places européennes. Lors de la 33e journée, les Girondins préservent tout de même leur série d'invincibilité à domicile face à Marseille en s'imposant sur le score de 2-1. Cela fait maintenant 35 ans que Marseille n'a pas gagné à Chaban Delmas.
En 2012, après une série de 6 victoires consécutives en fin de saison, Bordeaux termine à la 5e place du championnat et se qualifie pour les barrages de la Ligue Europa. Les Girondins retrouvent l'Europe, deux ans après leur dernière apparition en 2010.
↑Seule la nationalité sportive est indiquée. Un joueur peut avoir plusieurs nationalités mais n'a le droit de jouer que pour une seule sélection nationale.
↑Seule la sélection la plus importante est indiquée.