Merkley a été le 1er choix au total du Storm de Guelph lors du repêchage de la LHO de 2016. À la fin de la 2016-2017, il est nommé sur la première équipe d'étoiles des recrues et remporte le trophée de la famille Emms.
Classé au 45e rang dans le classement final de la Centrale de recrutement de la LNH, il est finalement repêché en 1er ronde, 21e au total, par les Sharks de San José au repêchage d'entrée dans la LNH 2018. Le , il paraphe un contrat d'entrée de 3 ans avec les Sharks.