Vers 1671[3],[4], Marguerite Lory (1624-1694), veuve de François Bienvenue, fonde une maison d'accueil pour « filles débauchées ». Cet établissement, situé à l'extrémité nord-ouest du chemin qui mène au Port-Communeau, est pourvu d'une chapelle[4] (la « chapelle des Pénitentes »), et d'un cimetière[4] au sud de l'ensemble, le long de la future rue des Pénitentes. L'établissement est érigé en monastère de religieuses le [3].
Lors de la Révolution, les Pénitentes refusent de prêter serment. Le , il est ordonné à l'établissement de renvoyer les pensionnaires de moins de 25 ans, et en , les Pénitentes quittent le lieu, qui est partiellement vendu comme bien national le [3],[4].
En , l'ancienne maison des Pénitentes est utilisée comme lieu de détention pour accueillir les paysans insurgés contre la levée en masse, puis en avril comme lieu d'hébergement pour les soldats républicains volontaires[5]. Le bâtiment est ensuite renommé prison des Sans-Culottes, et sert de prison militaire. Les conditions d'hygiène y sont très mauvaises. La prison est fermée en 1794, et reconvertie en hôpital[6].
La rue a longtemps formé une seule voie avec la rue Saint-Jean. Jusqu'au XVIe siècle, la voie est désignée sous l'appellation de chemin, avec comme précision « qui va des frères mineurs au Port-Communeau » ou « qui va de Saint-Jean au Port-Comuneau ». Puis l'artère était appelée « rue des Cordeliers » (différente de la rue des Cordeliers ouverte à côté en 1835) lorsqu'elle était considérée ne faire qu'une avec l'actuelle rue Saint-Jean, ou, après l'établissement de religieuses de la « maison de Sainte-Marie-Madeleine, dite des Pénitentes » dans cette portion du chemin, « rue des Pénitentes ». Sous la Révolution, la voie est baptisée « rue Bacon », du nom porté par le moine Roger Bacon (1214-1294) et le philosophe Francis Bacon (1561-1626)[3]. La dénomination « rue des Pénitentes » est officialisée en 1816[4].
Bâtiments remarquables et lieux de mémoire
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Paul Bois (dir.) et al., Histoire de Nantes, Toulouse, Éditions Privat, coll. « Univers de la France et des pays francophones » (no 39), , 477 p. (ISBN2-7089-4717-6).
Georges Durville, Études sur le vieux Nantes, vues et plans pour l'illustration du premier volume, avec texte explicatif, A. Dugas, (BNF30387833, présentation en ligne), « la rue des Pénitentes ».
Alfred Lallié, Les prisons de Nantes pendant la Révolution, Imprimerie Vincent Forest et Émile Grimaud, (BNF34028215).
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