Román Colón est de nouveau échangé le et se retrouve chez les Royals de Kansas City. Il dispute 43 matchs comme lanceur de relève pour Kansas City en 2009 et remet une moyenne de points mérités de 4,83 en 50 manches et un tiers lancées. Il réapparaît dans 5 parties des Royals en 2010 et 3 dernières en 2012. Son dernier match dans les majeures est disputé le .
De 2004 à 2012, Román Colón est apparu dans 124 matchs des majeures, dont 116 comme lanceur de relève. Sa moyenne de points mérités se chiffre à 5,19 en 187 manches et un tiers lancées, avec 120 retraits sur des prises, 8 victoires, 10 défaites et un sauvetage.
Colón poursuit sa carrière professionnelle dans les ligues mineures, jouant pour des clubs affiliés aux Rockies du Colorado, aux Pirates de Pittsburgh et aux Braves d'Atlanta en 2013[2].