Au Caltech, le professeur Ellis fut Directeur de l'Observatoire du Mont Palomar de 2000 à 2005, et il a joué un rôle central dans le développement des aspects scientifiques et techniques, de même que dans l'élaboration du partenariat, pour le Télescope de Trente Mètres, un projet collaboratif qui regroupe le Caltech, l'Université de Californie, le Canada, le Japon, la Chine et l'Inde, et destiné à être installé sur le site astronomique de Mauna Kea, Hawaï. Lorsqu'il sera construit, il deviendra le plus grand télescope au sol dans le domaine de l'optique et de l'infrarouge proche.
Il fut admis comme Fellow de la Royal Society en 1995, et Commandeur de l'Ordre du British Empire (CBE) lors de la promotion du nouvel an 2008 (New Year Honours 2008).