L'origine du club actuel remonte à la fondation du Burgos CF en 1922, également connu sous le nom Gimnástica Burgalesa Club de Fútbol entre 1936 et 1948. En 1983, celui-ci disparait en raison de graves problèmes économiques et son équipe de réserve, Burgos Promesas, rebaptisé Real Burgos Club de Fútbol, remplace l'équipe première à partir de la saison 1983-1984.Ce dernier prend part pendant trois saisons consécutives au championnat d'Espagne de D1 au début des années 1990, mais, peu de temps après sa relégation en D2 à l'issue de la saison 1992-1993, il suspend ses activités durant la saison 1994-1995, repart en D4 l'année suivante avant des disparaître définitivement à l'été 1996.
C'est alors que le Burgos CF, fondé dès les premières difficultés du Real Burgos en 1994, devient la principale équipe locale.
À l'été 2011, après quinze ans d'inactivité, le président Juan Antonio Gallego annonce la refondation de l'entité qui entrera en compétition pour la saison 2011-2012 dans la catégorie la plus basse du championnat de Castille-et-León, la Primera División Provincial Aficionados (Première Division Provincial Amateure), l'équivalent du 6e niveau du football espagnol.
Le , la première assemblée générale a lieu peu après la réunion des actionnaires du club. Sont alors annoncés un budget de 38 000 €, qui est approuvé, et le nom de l'entraîneur, Alfonso Garcia, ancien entraîneur de C.D. Juventud del Círculo et disposant d'une vaste expérience au sein des championnats régionaux espagnols. Néanmoins ce dernier quitte le Real Burgos dès la 8e journée pour des raisons personnelles et est remplacé Jesús Barbadillo. Après une première saison discrète, la seconde campagne voit le club obtenir sa promotion pour l'étage supérieur (D5) ou il termine successivement 9e (2013-2014) puis 11e (2014-2015).
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