En 1994, il s'opposa à l'alliance entre Batalla et le Parti colorado, par laquelle Batalla obtenait d'être colistier de Julio María Sanguinetti à la présidentielle, obtenant ainsi la vice-présidence. Michelini reste donc indépendant, alors que la liste 99 se scinde, et se présente deux fois de suite à la présidence en tant que candidat du Nouvel Espace. Il reçoit 5,16 % des votes aux élections de 1994, puis 4,56 % aux élections de 1999, mais réussit à chaque fois à être élu sénateur.
Michelini est quant à lui élu sénateur, et réélu en 2009, étant placé troisième sur les listes sénatoriales du Front Líber Seregni (aile centriste du Front large), dirigé par Danilo Astori. Son frère, Felipe, élu trois fois député, est sous-secrétaire de l'Éducation et de la Culture du gouvernement Vázquez (2005-2010).