Le site a été conquis par Israël pendant la guerre des Six Jours. Ses habitants ont été évacués et il semble que le site, frontalier de la Jordanie, ait été miné. Le site est resté complètement fermé aux visiteurs pendant plusieurs années. Un projet de restauration a été prévu par le gouvernement israélien avant les célébrations du second millénaire, mais a été retardé par la Seconde Intifada et des inondations sur le site en 2003[4].
Le site de Qasr al-Yahoud, situé dans une zone militaire entourée de champs de mines, a été réaménagé et ouvert en 2011 par le ministère israélien du tourisme pour faciliter les visites des pèlerins, avec notamment l'installation de zones ombragées pour les sessions de prière et la construction de rampes en bois s'avançant dans le Jourdain pour permettre aux pèlerins d'accéder plus facilement aux eaux du baptême[5]. L'ensemble est dirigé par la Direction de la Nature et des Parcs d'Israël.
En 2019, la zone près du site a été déminée par l’ONG Halo Trust
[6].
