Il est fréquent que plusieurs protocoles réseau forment des couches de protocoles.
Les couches
Afin de s'y retrouver au milieu des protocoles, et même de pouvoir en changer, on les hiérarchise par exemple en quatre couches dans le modèle TCP/IP. D'autres modèles plus complexes, comme le SNA d'IBM ou le modèle de l'OSI, comptant chacun sept couches, ont rencontré moins de succès pratique et sont plutôt évoqués aujourd'hui à des fins de complétude de la théorie.
Considérée dans son ensemble, une suite de protocoles entre diverses couches forme ce qu'on nomme une pile de protocoles. Les termes « protocole » et « pile de protocoles » désignent également les logiciels qui implémentent un protocole.
Les protocoles les plus récents sont standardisés par l'IETF dans le cas des communications sur Internet, et par l'IEEE ou l'ISO pour les autres types de communication. L'UIT-T prend en charge les protocoles et les formats des télécommunications.
Dans le milieu du P2P, on considère l'ensemble des algorithmes d'un réseau comme son protocole.
Le logiciel de partage de fichier NFS utilise préférentiellement le protocole TCP depuis sa version 3, mais dans ses versions antérieures ne pouvait utiliser qu'UDP.