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Originaire du Nord-Pas-de-Calais, Philippe Brunel a défendu les couleurs des deux clubs phares de sa région : le RC Lens et le LOSC. Champion de France avec les "sang et or", et vainqueur de la Coupe de la Ligue, il rejoint l'Olympique de Marseille où il ne parvint pas à s'imposer à une époque d'instabilité du club phocéen (six changements d'entraineur en six mois). À la trêve hivernale, il remonte dans le Nord et rejoint les dogues de Vahid Halilhodžić qui disputent la première campagne européenne du club. Il s'impose rapidement comme un joueur cadre de l'effectif lillois, d'abord sous les ordres de "coach Vahid", puis de Claude Puel. En 2005, il rejoint le FC Sochaux, club avec lequel il remporte la Coupe de France contre Marseille. En finale, il inscrit d'ailleurs le tir au but décisif. En 2007, il rejoint Angers où il termine sa carrière professionnelle.
En 2022, le magazine So Foot le classe dans le top 1000 des meilleurs joueurs du championnat de France, à la 576e place[1].