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Philipp Weber commence le handball à 7 ans et joue dans les équipes de jeunes de SG Eintracht Glinde. En 2003, il rejoint le SC Magdebourg où il y effectue toute sa formation. Afin de gagner du temps de jeu au niveau sénior, il est transféré au HC Empor Rostock lors de la saison 2011-2012. Rapidement blessé à l'épaule, il se fait opérer et voit son contrat résilié. En , il se relance au SC DHfK Leipzig. À l'été 2016, il rejoint pour une saison le HSG Wetzlar et termine meilleur buteur de Bundesliga.