C'est dans la colonie française de l'Oubangui-Chari que, le , est instituée la circonscription de Kandjia-Kouango, avec Bambari pour chef-lieu. Le , elle devient circonscription de Kouango, puis en 1918 elle prend le nom banda de la Ouaka. En juillet 1918, l'administrateur colonial Félix Éboué est en poste à Bambari, il dirige la circonscription pendant trois ans jusqu'en juillet 1921[3]. La réforme administrative du , instaure le vaste département de l’Oubangui-Ouaka qui englobe Mobaye, Fort-Sibut et Fort-Crampel.
Après la Seconde Guerre mondiale, le , est créée la région de la Ouaka-Kotto dont Bambari demeure le chef-lieu.
En 1950, la région de la Ouaka-Kotto est divisée en deux : entre la majeure partie de la région qui devient la Ouaka et la partie sud-ouest qui devient la région de la Basse-Kotto avec pour chef-lieu Mobaye.
La région de la Ouaka devient la préfecture de la Ouaka après l'indépendance[4].
La préfecture se situe dans la zone de cultures vivrières à mil et manioc dominants, maïs, courges et haricots. Les cultures commerciales sont le coton au nord, les palmiers à huile au sud, et la canne à sucre dans la région de Ngakobo. La pêche fluviale traditionnelle est pratiquée sur la rivière Ouaka. La région d'Ippy est une zone d'élevage bovin. Des mines d'or sont exploitées à Ndassima au nord de Bambari[10].