L'enquête commença en , à l'instigation d'un agent du FBI autorisé à enquêter au Mexique sur le trafic de stupéfiants[2]. Celui-ci s'appuya sur les révélations d'un témoin protégé, réfugié au consulat du Mexique à Washington D.C., qui avait infiltré l'ambassade des États-Unis afin de transmettre les informations de la DEA au cartel de Sinaloa[3].
En , Fernando Rivera Hernández, directeur du renseignement à la coordination technique du SIEDO, fut ainsi arrêté avec quatre autres fonctionnaires, dont les enquêteurs Antonio Mejía et Alberto Zavala[3]. Coordonnant les opérations anti-stup du procureur général de la République et du secrétariat à la Défense nationale (SEDENA), il était accusé d'être payé par les frères Beltrán Leyva, qui avaient récemment pris leur autonomie à l'égard du cartel de Sinaloa[3]. Ces fonctionnaires, dont certains ex-membres de l'unité d'élite des Grupos Aeromóviles de Fuerzas Especiales (dont Fernando Rivera, Roberto García García et Milton Carlos Cilia Pérez) [2], recevaient entre 150 000 et 450 000 dollars par mois des Beltrán Leyva[3]. Noé Ramírez Mandujano, chef du SIEDO, fut interpellé à la suite de cette enquête[1], ainsi que Miguel Colorado González, coordinateur technique général du SIEDO[4].
À la suite de ces arrestations, un certain nombre d'agents, y compris au sein de l'Agence fédérale d'investigations (AFI), désertèrent leurs postes par crainte des retombées de l'enquête [5]. D'autres, comme Jorge Alberto Zavala Segovia, furent incarcérés, après avoir été inculpés pour collusion avec le crime organisé[6].
L'enquête révéla qu'outre le cartel de Sinaloa, le cartel du Golfe avait aussi corrompu plusieurs hauts fonctionnaires[1]. Les cartels avaient infiltré non seulement le SIEDO, mais également Interpol Mexique et l'ambassade des États-Unis [4].
En , Moisés Minutti Mioni, gérant du service clientèle de l'entreprise téléphonique Nextel, fut incarcéré à la suite de l'Opération Propreté, accusé de délivrer des lignes téléphoniques non enregistrées à des hommes du cartel de Sinaloa[7].
