Le , la police de Manille est appelée pour un départ de feu dans un appartement situé près de la nonciature apostolique du Saint-Siège (Vatican), à Manille, aux Philippines. Sur place, ils découvrent les plans de l'opération, des bidons de produits chimiques, l'horaire précis du passage du pape, une robe de prêtre et une bible (pour pouvoir approcher le pape et se faire exploser avec lui).
Sur un ordinateur, le déroulement des attentats est décrit avec minutie. Les terroristes sont arrêtés et interrogés. L'un d'eux affirme avoir pris des cours de pilotage pour pouvoir détourner un avion et s'écraser sur les cibles choisies.
L'intérieur du Boeing 747 philippin après l'attentat.
Les trois terroristes ont été capturés assez rapidement : Abdul Hakim Murad le jour même de la découverte du complot, le , alors qu'il tente de revenir chercher l'ordinateur portable. Il a été condamné à la prison à vie. Ramzi Yousef a été arrêté au Pakistan un mois plus tard, le , et a été condamné en à 240 années de prison. Interpellé le , Wali Khan Amin Shah, s'échappe trois jours plus tard et gagne la Malaisie, où il a été capturé en décembre[2]. Les trois hommes purgent leurs peines à ADX Florence, une prison située dans un désert du Colorado et spécialement conçue pour héberger les prisonniers jugés les plus dangereux.
Il a été dit que le nom Bojinka était un mot serbo-croate signifiant « explosion », mais il semble que ce soit simplement un nom de code arbitraire, que les enquêteurs ont trouvé dans l'ordinateur saisi à Manille[3].
