Après une saison 1968-1969 de retour au Varzim SC, il rejoint le club du Sporting Portugal en 1969. Avec ce club, il est à nouveau champion du Portugal en 1970 et 1974 et remporte trois coupes du Portugal (1971, 1973 et 1974)[1],[2],[3].
Il évolue pendant l'année 1975 aux États-Unis au sein de la franchise des Minutemen de Boston. De retour au Portugal, sa saison 1975-1976 est sa dernière avec le Sporting[2].
En 1976, il retourne dans son île natale jouer au CS Marítimo. Après une première saison en deuxième division portugaise, le club accède à la première division avec Nélson Fernandes[1],[2],[3].
De 1978 à 1980, il évolue au Portimonense SC. Là aussi, Nélson participe à la montée du club en première division sa première saison pour disputer la seconde saison au sein de l'élite du football portugais[1],[2],[3].
La fin de sa carrière est marqué par des clubs évoluant dans des divisions inférieures (FC Tirsense, SC Vianense, Leça FC et Aguçadoura). Il raccroche les crampons en 1986[1],[2],[3].