Il dispute sa première course internationale en 2000 à l'occasion des Championnats du monde junior à Štrbské Pleso. Fin 2001, il est au départ de sa première course en Coupe du monde, puis prend une bonne cinquième place aux Championnats du monde junior à Schonach sur trente kilomètres. Il est alors envoyé pour ses premiers jeux olympiques à Salt Lake City, où son meilleur résultat individuel est 22e sur le trente kilomètres. En 2003, il obtient sa première distinction au haut niveau avec une victoire sur le sprint de l'Universiade, qui précède sa première sélection aux championnats du monde à Val di Fiemme.
Lors de la saison 2003-2004, Chebotko marque directement ses premiers points en Coupe du monde au sprint de Düsseldorf (27e) et aide plus tard le relais à finir quatrième à La Clusaz.
En janvier 2006, il intègre pour la première fois le top dix d'une épreuve individuelle de Coupe du monde avec le septième rang au sprint d'Oberstdorf. Un mois plus tard, il honore sa deuxième sélection aux Jeux olympiques à Turin, finissant notamment sixième du sprint par équipes.
Lors du Tour de ski 2007-2008, il signe son premier podium dans l'élite avec une deuxième place au sprint libre à Asiago[2]. Lors du Tour de ski 2008-2009, il connaît encore plus de réussite avec ses deux troisièmes places sur le quinze kilomètres classique à Nové Město et au vingt kilomètres classique a Val di Fiemme.
Aux Jeux olympiques d'hiver de 2010, à Vancouver, il obtient ses meilleurs résultats en quatre participations aux jeux avec une treizième place en sprint individuel et une cinquième place en sprint par équipes.
Lors de la saison 2013, il est en début de saison 9e dans le relais à Gällivare et 44e dans le Nordic Opening. Le à Québec, il crée la surprise avec son équipier Denis Volotka en remportant la première épreuve de Coupe du monde par équipes du Kazakhstan, devant les Russes et les Norvégiens[3]. Un an plus tard, le Kazakh monte sur un deuxième podium en sprint par équipes à Asiago, ce qui représente aussi son ultime top dix aussi. Aux Jeux olympiques d'hiver de 2014, à Sotchi, il termine 25e du sprint libre, 33e du quinze kilomètres classique et huitième du sprint par équipes.
Il participe à sa dernière compétition majeure en 2019 aux Championnats du monde à Seefeld.
Chebotko meurt en janvier 2021 à la suite d'un accident de voiture[4].
Palmarès
Jeux olympiques d'hiver
Nikolay Chebotko a pris part à quatre éditions des Jeux olympiques d'hiver avec pour meilleur résultat une 5e place en sprint par équipes en 2010 aux côtés d'Alexey Poltoranin.
Nikolay Chebotko a pris part à sept Championnats du monde avec pour meilleur résultat individuel une 8e place en sprint obtenue en 2005. En 2013, il est associé à Alexey Poltoranin lors du sprint par équipes, la paire kazakhe remporte la médaille de bronze derrière les Russes et les Suédois.
En trois participations aux Championnats du monde juniors, Nikolay Chebotko a pour meilleur résultat une 5e sur le 30 km en style classique, obtenu aux Mondiaux 2002 à Schonach.
