Mário Wilson commence sa carrière professionnelle en 1973 au sein du Leixões SC, où il évolue pendant une saison. En 1974, il rejoint l’Académica de Coimbra, le club de son père[1],[2].
Après deux années solides à l’Académica, il s'engage avec l’Atlético Clube de Portugal en 1975, où il joue 49 matchs et inscrit 6 buts sur deux saisons. Ses performances lui valent un transfert au Benfica Lisbonne en 1977, l'un des plus grands clubs du pays[1]
Il joue 3 matchs en Coupe des clubs champions lors de la saison 1977-1978 dont le match aller-retour contre Liverpool : Benfica est éliminé en quarts de finale contre le club anglais, futur vainqueur[2]. Son passage au Benfica reste marqué par un temps de jeu limité, avec seulement 18 apparitions en trois saisons[1].
De retour à l’Académica en 1980, il y retrouve sa régularité, disputant 83 matchs et inscrivant 7 buts lors de son second passage. Par la suite, il continue sa carrière au SC Farense, Estoril-Praia, et termine sa carrière professionnelle dans des clubs comme le Louletano, l’Almancilense, et enfin Oeiras[1],[2].