Le monastère de Namgyal qui fut initialement appelé Phende Lekshe Ling a été fondé en 1574, par le 3e dalaï-lama, Sonam Gyatso. Il a été renommé Namgyal en l'honneur de Namgyälma.
En 1961, les moines du monastère de Namgyal s'installèrent à Dharamsala. En 1963, ils purent célébrer à nouveau le rituel de Kalachakra et le 14e dalaï-lama nomma Lobsang Dhondup abbé du monastère.
Deux bâtiments ont été construits : le temple principal du monastère, et un temple consacré au Kalachakra. Ce dernier est décoré de fresques représentant les 722 déités du mandala, émanant du Bouddha Shakyamuni.