Le ministère de l'Économie de Moldova a été créé le en tant que ministère de l'Économie nationale de la RSS de Moldavie, alors que la Moldavie faisait partie de l'Union soviétique. Au fil des ans, il a été restructuré et renommé à quelques reprises :
Ministère de l'Économie et des Finances (1991-1992)
Ministère de l'Économie (1992-1997)
Ministère de l'Économie et des Réformes (1997-2001)
Ministère de l'Économie (2009-2017)
Ministère de l'Économie et des Infrastructures (depuis 2017)