Pour l'UICN cette espèce pourrait être un complexe d'espèce. Elle a défini trois sous-espèces Melanophryniscus stelzneri stelzneri des provinces de Córdoba et de San Luis, Melanophryniscus stelzneri spegazzinii de la province de Salta et une sous-espèce non décrite de la province de Buenos Aires.