Il a passé trois ans au FC Bâle, marquant 58 buts en 113 matchs. Il a emmené en 2005 le FC Bâle en quart de finale de la Coupe de l'UEFA grâce à ses qualités techniques. Delgado aide Bâle à remporter deux titres de champion en 2004 et 2005. Il est le cinquième meilleur buteur de l'histoire du club suisse.
Son transfert au Besiktas se réalisa le pour environ 6,5 millions d'euros. Une très grande partie de cette somme a été payée par le sponsor Ülker. Delgado avait déclaré que son objectif était de prendre la place de Riquelme. Il admire aussi les compétences du meneur de jeu argentin Pablo Aimar.
Delgado est un bon meneur de jeu, ainsi qu'un bon buteur. Il est connu pour être rapide et inattendue avec ses passes et ses frappes. En plus de cela, il est aussi un excellent tireur de coups francs.
Son premier match officiel fut époustouflant sous les couleurs du Besiktas, en finale de Supercoupe de Turquie contre le Galatasaray. Il y impressionne tous les observateurs par ses passes et gestes techniques. Le Besiktas gagna ce match sur le score de 1 à 0 et remporta la première Supercoupe de Turquie.
Il joue habituellement milieu offensif, Mais pendant la saison 2006-2007, l'entraineur Jean Tigana préfère Ricardinho à ce poste et choisit de le faire jouer à droite.
Il devient aussi le capitaine de l'équipe jusqu'à sa blessure qui l'éloignera environ cinq mois des terrains. Il a subi une opération à Barcelone et sera de retour au football normalement au mois de . Dû fait de sa blessure, il y eut un grand dilemme à propos du contrat du joueur. Delgado a refusé de voir son contrat gelé jusqu'à son retour. Pendant ce temps, le club avait besoin d'un meneur de jeu et Delgado empêchait son club de recruter. Après une période de réflexion et de discussion, le club et Delgado, par l'intermédiaire de son père et agent Eduardo Delgado, arrivèrent à une solution. Le contrat a été gelé jusqu'à .
Il rejoue pour le FC Bâle durant la saison 2013/2014. En Ligue Europa, il marque un doublé en quart de finale aller contre Valence FC. Le score final est de 3-0 pour les Bâlois, le .
Le , il annonce sa retraite lors de la 2e journée du championnat de Super League après le match FC Bâle - FC Lucerne[2].
