Il commence son éducation musicale auprès d'Aloys Businger, organiste de l'église de Stans, avant d'entrer au séminaire Saint-Urbain, où il étudie l'orgue et la composition musicale avec Leopold Nägeli[3].
En 1847, Lussy s'installe à Paris pour étudier la médecine avant d'abandonner cette discipline pour se consacrer à la musique et de devenir un professeur de piano réputé. À compter de 1852, il est professeur de piano au couvent de Picpus, durant 40 ans. En 1902, il revient en Suisse et passe les dernières années de sa vie à Montreux[1],[2],[3].
Mathis Lussy meurt aux Planches (Montreux) le [1],[2],[3].
Pour la postérité, il est surtout connu pour ses contributions à la théorie musicale et à l'esthétique. Entre 1863 et 1909, Lussy est ainsi l'auteur de cinq ouvrages et plusieurs articles sur l'histoire de la notation musicale, la culture du sentiment musical et la théorie du rythme et de l'expression musicale[3]. Outre Le Rythme musical (Paris, 1883, 4/1911), son principal ouvrage reste un Traité de l'expression musicale (Paris, 1874, 8/1904 ; traduit en anglais, Londres, 1885 ; en allemand, Leipzig, 1885 ; en russe, Saint-Pétersbourg, 1888)[2], dédié à Liszt, qui connaît de son temps un grand succès[4]. « De plus, en empruntant la formulation de ses concepts à la terminologie de Momigny, Lussy avait l'originalité d'être le relais d'un théoricien que la pensée musicale du XXe siècle redécouvrira aussi[4] ».
On lui doit également une Histoire de la notation musicale écrite en collaboration avec Ernest David (Paris, 1882), qui pose les bases d'une sémiologie musicale[2],[4].
Les principes pédagogiques qu'il pratiquait et développait dans ses œuvres ont « pour particularité de mettre en pratique une méthode heuristique qui fait de l'élève son propre initiateur en fonction de sa psychologie et de ses facultés[1] ».
Marc Honegger (dir.), Dictionnaire de la musique : Les hommes et leurs œuvres. L-Z, Paris, Bordas, coll. « Marc Honegger », , nouvelle éd. (1re éd. 1970), 1232 p. (ISBN2-04-019972-1).