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En fin d'année 2005, peu après avoir mis fin à sa carrière de coureur, Martin Hvastija devient sélectionneur de l'équipe nationale de Slovénie[1]. En 2014, il abandonne la fonction de sélectionneur de l'équipe nationale masculine, attribuée à Gorazd Štangelj, pour se concentrer sur celles de directeur des équipes nationales et de sélectionneur de l'équipe masculine espoirs (moins de 23 ans)[2],[3].
