Né à Cajari, José Marcos est ensuite parti à São Luís avec sa famille et a grandi dans le quartier de Anjo da Guarda. À l'âge de 12 ans, il quitte l'état de Maranhão pour jouer au football rejoignant par la suite les équipes de jeunes de l'Atlético Mineiro[1].
Marquinhos fait ses débuts professionnels avec l'Atletico le contre Chapecoense, à 17 ans[2].