Marlène Farrugia évolue de 1975 à 1981 à l'Olympique de Marseille. En mai 1976, elle dispute son premier match en équipe de France face à la Belgique (défaite 1-0)[1]. Elle marque son premier but international le face à la Suisse (victoire 2-1)[2].
Elle part en juin 1981 pour l'ASM Cannes où elle joue deux ans. Elle évolue ensuite à l'OS Monaco de 1985 à 1992, puis à l'Étoile de Menton de 1992 à 1993 avant de rejoindre un club de Nice en 1993.
Elle termine sa carrière en club à Menton en 2010[3] tandis que sa quatorzième et dernière sélection en équipe de France a lieu en 1983[4].