Markus Windisch fait ses débuts internationaux chez les juniors en 2002, terminant cinquième des Championnats du monde jeunesse en sprint. L'hiver suivant, il gagne sa première course officielle, enlevant le sprint de la Coupe d'Europe junior disputé à Forni Avoltri. Il fait finalement ses débuts dans la Coupe du monde durant la saison 2004-2005. C'est lors de l'étape d'ouverture de la saison 2007-2008 qu'il inscrit ses premiers points avec une 17e place au sprint d'Östersund. Un an plus tard, il est septième au même lieu pour sa première incursion dans le top dix. En fin de saison 2008-2009, il établit son meilleur classement général dans la Coupe du monde avec le 26e rang. En 2011, il monte sur son premier podium en relais à Antholz, puis se classe sixième du sprint de Presque Isle. En , il aide ses coéquipiers à gagner le relais d'Oberhof.
Son meilleur résultat individuel aux Championnats du monde est une huitième place lors du sprint en 2012. Il est également proche de la médaille avec le relais italien à deux reprises (quatrième place) en 2007 et 2012.
Il prend sa retraite sportive en 2014.
Son frère Dominik est également un biathlète de haut niveau[1].
