De 1994 à 1996, elle a été conseillère politique dans le cabinet de Marcel Landry, ministre de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation du Québec.
Après cet engagement politique, elle a été travailleuse autonome (1996-1997), puis est retournée à l'UPA comme directrice générale de la Fédération des producteurs de pommes de terre, de 1997 à 2006. Elle est directrice générale d'organismes d’économie sociale depuis 2008.
Défi tête rasée
C'est le que la députée Marie Bouillé a sacrifié sa chevelure au Défi tête rasée de Leucan afin de soutenir les enfants atteints du cancer. En effet, la députée a réussi à amasser plus de 16 500 $ leur venir en aide. Lors d'une entrevue, elle confie : « Aujourd’hui, je souhaite poser un geste qui fera réfléchir sur l’importance de soutenir les enfants atteints de cancer et leur famille. Le symbole de la tête rasée est pour moi important, car c’est dans ma nature de vouloir aider de façon concrète. »
