En 1718, elle est élue princesse-abbesse de Quedlinbourg. Cependant, les rois de Prusse, ayant obtenu la tutelle de l'abbaye en 1698, ils tentent d'imposer leur autorité sur ce petit État du Saint-Empire romain germanique, en tentant d'influencer l'élection de la nouvelle princesse-abbesse en faveur de leur propre famille. Marie Élisabeth est élue à plusieurs reprises au cours de l'interrègne, tandis que l'abbaye est gouvernée par le prévôt Marie-Aurore de Kœnigsmark, mais le roi Frédéric-Guillaume Ier de Prusse refuse de consentir à chaque élection et Empereur romain germanique Charles VI refuse par conséquent de confirmer les élections. L'élection, cependant, est finalement allée de l'avant, mais le choix d'une duchesse de Schleswig-Holstein-Gottorp plutôt que d'une princesse de Prusse cause tout un émoi. En raison de ses différends territoriaux avec le roi de Prusse, Marie Élisabeth se tourne vers l'empereur du Saint-Empire romain, mais sans succès.
