Le club est fondé en 1994 sous le nom de Manisa Belediyespor. En 2014, le club est renommé Manisa Büyükşehir Belediyespor, puis Manisa Futbol Kulübü en 2019.
En 1998, le club est promu en première division de Ligue Amateur après avoir été champion de seconde division. En 2015, le club est sacré champion de cinquième division. En 2018, le club est sacré champion de quatrième division. En 2021, le club est promu pour la première fois de son histoire en deuxième division, après avoir passé la saison sans défaite en championnat[2].
Avant de jouer à domicile au Stade du 19-Mai de Manisa, le Manisa FK évoluait au Stade Mümin-Özkasap.
Dates clés
1994 : fondation du club sous le nom de Manisa Belediyespor
2014 : fondation du club sous le nom de Manisa Büyükşehir Belediyespor