En tant que milieu, Manfred Kaiser est international est-allemand à 31 reprises (1955-1964) pour un but inscrit. Sa première sélection est honorée le à Berlin, contre la Bulgarie, qui se solde par une victoire (1-0). Son seul but est inscrit à Cardiff, le , contre le pays de Galles, qui se solde par une défaite (1-4). Il inscrit son but à la 57e minute. Sa dernière sélection est honorée à Accra, le , contre le Ghana, match se soldant par une défaite (0-3).
Formé de 1939 à 1948, il commence sa carrière professionnelle en 1948 au 1. FC Zeitz pendant deux saisons. Il joue ensuite quatre saisons au Wismut Gera, sans rien remporter.
Il est entraîneur dès 1965 jusqu'en 1993 (Wismut Gera, FC Rot-Weiss Erfurt (assistant), Chemie Zeitz, Motor Hermsdorf, Chemie Bad Köstritz et Stahl/SV Elstertal Silbitz) mais il ne remporte rien.