Polyeucte de Mélitène, Saint arménien, un temps riche officier romain y fut martyrisé et y mourut sous le règne de Dèce (Trajan Dèce, empereur romain de 249 à 251), en l'an 259.
Reprise par les Byzantins en 934[2], la cité est ensuite intégrée aux possessions de Philaretos Brakhamios, serviteur arménien de l'empire qui prend son autonomie à la mort de Romain IV Diogène, en 1071. Après sa chute en 1085, Mélitène est défendue par son lieutenant Gabriel contre les Seldjoukides, qui assiègent la cité en 1097. L'arrivée des Croisés les oblige cependant à lever le siège et à quitter la région. Malgré l'alliance avec Baudouin du Bourg, comte d'Édesse, Mélitène est prise en 1103 par les Danichmendides[3].
Durant le génocide arménien, la ville reçoit plusieurs flots de déportés en provenance de Sivas, Kharpout, Muş et d'autres villages alentour, pour être dirigés vers leur destination finale : les camps d'extermination ou les déserts de Mésopotamie[4].
En avril 2007, la ville est troublée par le massacre des éditions Zirve(en) : trois chrétiens protestants, un missionnaire allemand et ses deux collaborateurs turcs, animant la maison d'édition religieuse protestante Zirve, sont torturés et égorgés[5]. Quatre suspects, âgés de 19 à 20 ans, sont arrêtés et avouent leurs actes mais il n'est pas exclu qu'ils aient agi à l'instigation d'une organisation secrète[6],[7]. Ils sont relâchés en en application d'une loi limitant la durée de la détention préventive[8]. Les procédures furent interminables, décourageant beaucoup les familles et les amis des victimes. Quelque 115 séances devant le tribunal ont été tenues pour ces assassinats barbares, les juges et les procureurs ont été changés à plusieurs reprises. Mais finalement un jugement a été rendu le condamnant les auteurs de ces crimes à la prison à perpétuité[9].
La ville de Malatya est grande productrice d'abricots, vendus dans le monde entier, notamment sous leur forme séchée : on estime qu'elle produit 85% des abricots secs vendus dans le monde[11].