En , après la chute sur Terre d'un vaisseau spatiale extraterrestre, de nombreuses avancées technologique ont lieu. Cependant des conflits éclatent, et rapidement une guerre mondiale appelée « guerre d'unification » commence.
En 2008 la guerre approche de la fin. Le pilote de l'UNF Shin Kudo est cependant abattu par un chasseur révolutionnaire des anti-UN, le SV-51.
Échoué sur l'île Mayan il rencontre la prêtresse de l'île Sara Nome, et sa sœur Mao. Au même moment, un objet présentant une réaction similaire au vaisseau extraterrestre est découvert au fond de la mer, près de l'île Mayan. L'UNF déploie alors un nouveau chasseur le VF-0 Phoenix, contre le SV-51 des anti-UN. Les deux camps se lancent dans un combat sanglant pour obtenir la relique.
