Le socle géologique du pays est donc essentiellement constitué de granite et de gneiss. Hormis quelques cours d'eau dans sa partie nord, au delà du bassin hydrographique, ses fleuves et rivières se déversent dans le Danube. Outre ses ruisseaux naturels, le Mühlviertel se distingue des autres régions d'Autriche par l'aspect de son relief (érosion de matelassage, marécage), sa faune sauvage (loutre, Lynx d'Europe) et sa flore (prairies herbues de Nardus stricta, gentiane de Bohême).
Les gorges du Hasel (Haselgraben) divisent le Mühlviertel (Mühlviertel supérieur et inférieur). La vallée de la Mühl et les gorges de la Feldaist entaillent le massif de la forêt de Passau aux forêt de Linz et de Grein.
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