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Les premières versions de LynxOS ont été créées en 1986 à Dallas, au Texas, pour un processeur Motorola 68010. En 1988-89, une version de LynxOS a été réalisée pour l'architecture Intel 80386. En 1989, la compatibilité avec SVR3 a été ajoutée au système, et plus tard, la compatibilité avec Linux. Aujourd'hui, LynxOS fonctionne également sur d'autres architectures, telles ARM, PowerPC et MIPS.
En 2003, LynuxWorks a lancé une version spécialisée de LynxOS, LynxOS-178, à l'intention des applications aéronautiques qui doivent posséder la certification au standard DO-178B.
