Né en République tchèque, Lukáš Pazdera est formé au FC Fastav Zlín, nommé à l'époque FC Tescoma Zlín. Après avoir évolué dans les catégories de jeunes du club, il fait ses débuts avec les professionnels le dans l'élite du football tchèque, lors de la saison 2007-2008, sur la pelouse du 1. FC Brno (0-0)[1]. Il s'impose dès sa première saison en équipe première, sans pour autant être toujours titulaire. A l'issue de la saison 2008-2009, le club est relégué, et Pazdera découvre alors l'échelon inférieur. Il inscrit son premier but la saison suivante en deuxième division, le , lors d'une victoire de son équipe face au FK Baník Sokolov (0-2)[2]. Lui et son club passent six saisons en deuxième division, avant de remonter après avoir été promu à l'issue de la saison 2014-2015. Le , il marque son premier but en première division, en inscrivant le seul but du match face au Bohemians Prague[3].
Banik Ostrava
Le , il rejoint le Baník Ostrava, club de première division. Il joue son premier match sous ses nouvelles couleurs le , face au FK Teplice. Ce jour-là, il est titulaire et s'illustre même en délivrant une passe décisive, lors de cette rencontre qui se solde par un match nul de 3-3[4]. Le , il marque son premier but en championnat pour le Banik Ostrava, lors d'une défaite face au Dukla Prague (1-2)[5].
Fin de carrière
Lukáš Pazdera rejoint le FC Fastav Zlín à l'été 2021 mais joue uniquement avec l'équipe réserve du club. Il rejoint ensuite le FK Luhačovice, qui est son dernier club.