Au début de sa carrière, Louis Van Houtte travaille à Bruxelles au ministère des finances et occupe ses loisirs à la botanique, à visiter le jardin botanique et des domaines privés. Il était en bons termes avec des hommes fortunés, tels que Parmentier et le chevalier Parthon de Von, et tissait des liens amicaux avec des horticulteurs de la région[1].
Il fonde avec Morren le mensuel L'Horticulteur belge (1833-1838), en . Il y eut au total 119 planches colorés à la main de gravures ou de lithographies et 78 gravures de vues. Cette période de la naissance de la jeune Belgique se caractérisait par le développement des pépinières qui entamaient ainsi le monopole des pépinières anglaises.
Il fonde aussi une entreprise de vente de graines et d'outillage de jardin, tout en continuant à se passionner pour la botanique, à une époque où les plantes tropicales rencontrent un engouement qui déferle en Europe et constituent un riche objet d'études. Il est marqué par la mort de sa femme au bout de peu d'années de mariage et décide de partir pour le Brésil afin de collecter des orchidées pour le compte du chevalier Parthon de Von et le roi des Belges, et rapporter des graines pour les vendre au jardin botanique. Il part donc le pour Rio de Janeiro, mais doit s'arrêter à cause du mauvais temps à Maio au Cap-Vert, et n'arrive qu'en .
Il grimpe le Corcovado à Rio et effectue une expédition botanique à Jurujuba. Il s'offre les services d'un assistant, tellement son matériel était important, lorsqu'il visite les monts Organ. Son expédition suivante se fait à Minas Gerais qu'il explore pendant sept mois, avec des changements constants d'environnement de Villa Rica à Ouro Preto. Il visite le Mato Grosso, le Goiás, la région de Sao Paulo et Parana. Il fait la rencontre du collecteur anglais, John Tweedie, à la Bande orientale, avec lequel il fait plusieurs voyages. Il repart pour l'Europe en 1836.
Vue de l'entreprise van Houtte vers 1851
Il fonde alors à Gand une école d'horticulture (où il emploie notamment Benedikt Roezl, ou François Crépin à partir de 1861), puis publie Flore des serres et des jardins de l'Europe qui paraît de 1845 à 1883. Il ouvre aussi une pépinière à Gentbrugge, près de Gand, avec son associé Adolf Papeleu. Les connaissances botaniques de Van Houtte, sa maîtrise des langues étrangères et son sens des affaires le mènent au succès commercial et au poste de maire de Gentbrugge.
L'Europe est en proie à une véritable folie des orchidées et Van Houtte envoie dès 1845 des collecteurs rapporter des orchidées et d'autres plantes exotiques des Amériques. Il produit également des semences pour les serres européennes et cultive ainsi le premier spécimen de Victoria amazonica sur le continent, avec l'aide d'Eduard Ortgies. L'entreprise de van Houtte atteint le sommet de son succès dans les années 1870, couvrant une surface de quatorze hectares avec cinquante serres. Son fils lui succède après sa mort.
Il a défini le genreRogiera de la famille des Rubiaceae, baptisé en l'honneur de son ami Charles Rogier, avec lequel il avait combattu pour l'indépendance de la Belgique en 1830. Il a introduit au commerce nombre de cultivars de roses dont celles de son ami Parmentier, comme 'Tricolore de Flandre' en 1846[2].
Il était membre de la Société royale de botanique de Belgique et de la Société royale d'agriculture et de botanique de Gand.
