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Révoqué de l’enseignement en 1910, il est condamné à deux reprises pour ses activités journalistiques (1911 et 1912) et placé en résidence obligatoire à Dakar. Il devient journaliste, collaborant régulièrement à La Dépêche coloniale et, surtout, à La Démocratie du Sénégal de Blaise Diagne dont il devient l’un des proches.
En 1914, Louis Hunkanrin revient au Dahomey où il fonde une section de la Ligue des droits de l’homme, mais il est de nouveau condamné à de la prison pour ses écrits dakarois. Toutefois, à la demande de Blaise Diagne, il se fait l’avocat d’une participation effective du Dahomey au premier conflit mondial.
Poursuivant son action militante, il participe à la rédaction du Récadère de Béhanzin (1917), puis s’installe à Paris où il fonde Le Messager dahoméen (1920) avec l’avocat antillais Max Clainville-Bloncourt (qui anime à partir de 1922 l’organe de presse de l’Union intercoloniale, Le Paria, fondé par Nguyên Ai Quôc, le futur Hô Chi Minh).
La participation active de Louis Hunkanrin aux événements de Porto-Novo de le fait qualifier de meneur rebelle auprès de l’administration coloniale française qui le condamne à dix ans d’internement administratif en Mauritanie. De retour au Dahomey, il écrit dans La Voix du Dahomey et est condamné à une amende à l’issue du procès contre le journal en .
À la mort de Louis Hunkanrin en 1964, le jeune État dahoméen consacre des obsèques nationales à celui qui est considéré comme le « père du mouvement national dahoméen ».