Le Lions Gibraltar Football Club est fondé en 1966 par un groupe d'amis à la suite de la victoire de l'équipe d'Angleterre lors de la Coupe du monde 1966, d'où les trois lions sur le logo du club, emblèmes de la sélection anglaise. Son premier président est Alfred Sene[1]. Le club fusionne avec Gibraltar United en 2011. Les deux entités se séparent en 2014.
Après une saison 2014-2015 décevante au terme de laquelle le club termine à la dernière place du championnat, n'évitant la relégation qu'en raison de l'expansion du championnat, le club annonce en avoir été racheté par Hercules Sport Promotion, Ltd, dirigé par Andrew Flowers (qui avait précédemment tenté de racheter le club de Leeds United en 2013)[2]. Les résultats de la saison suivante s'avèrent plus positifs, le club terminant quatrième du championnat, à respectivement 20 et 31 points des leaders du football gibraltarien que sont Europa FC et Lincoln Red Imps.