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La ligne 161A ést initialement un tronçon à voie unique qui longe, en troisième voie, la ligne 161 de la gare de Bruxelles-Luxembourg à la gare de Watermael via la gare d'Etterbeek. Dans le cadre de la création du RER bruxellois, des travaux ont été réalisés pour porter à deux voies cette portion de ligne afin d'aboutir au quadruplement de la ligne 161.
Elle se termine au sud par une paire de sauts-de-mouton entre Etterbeek et Watermael ainsi que par la jonction (ligne 26/4 d'Y Boondael à Etterbeek) avec la ligne 26. Au nord de Bruxelles-Schuman, la ligne 161A se prolonge via le tunnel Schuman-Josaphat jusqu'au point de bifurcation « Y Cinquantenaire » où elle rejoint la ligne 26.
Elle permet aux trains de la ligne 26 de desservir les gares de Germoir, Bruxelles-Luxembourg et Schuman. En outre les deux voies de la ligne 161A sont les seules à desservir la gare de Germoir, les deux voies de la ligne 161 n'y disposent pas de quai.
Elle est englobée dans la mise à quatre voies de la section Bruxelles-Schuman - Watermael - Ottignies - Louvain-la-Neuve-Université dont elle constitue les voies « lentes ».
Sur la portion à construire entre Watermael et Louvain-la-Neuve, les voies lentes sont disposées de part et d’autre alors que les voies de la ligne 161A sont disposées du même côté entre Etterbeek et Schuman. La paire de sauts-de-mouton entre Watermael et Etterbeek permet d’éviter le cisaillement entre la ligne 161A et les voies directes.
