En septembre 1994, elle fait ses premiers pas dans le système des Nations-Unies, au poste de responsable de projet, services de base à l’UNICEF, à Luanda (Angola).
Quatre mois plus tard, elle devient agent des urgences au sein de l’institution onusienne chargée de l’Enfance.
En février 2014, elle est nommée administrateur principal de programme de pays en Sierra Leone.
En juillet 2017, Kadiatou Émilie Diaby devient directeur pays de la BAD au Togo.
En 2018, elle est rappelé à Abidjan pour assumer les fonctions de coordonnateur du programme de pays au bureau du vice-président de la BAD chargé du développement régional et prestation des activités.