À l'époque coloniale, Boven Digoel était le lieu d'un camp de concentration où le gouvernement des Indes néerlandaises envoyait notamment des prisonniers politiques, comme des militants du Parti communiste indonésien après l'échec de l'insurrection de 1927, et les dirigeants nationalistes Hatta et Sjahrir en 1934.
Le kabupaten est créé le par division de celui de Merauke et fait alors partie de la province de Papouasie avant de rejoindre celle de Papouasie méridionale lors de sa création le .
Démographie
La population s'élevait à 35 400 habitants en 2000 et à 64 285 habitants en 2020[1].
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