Le freinage est confié à des disques et des étriers Brembo.
L'ensemble des éléments de suspension proviennent de la filiale White Power.
Pour 2007, KTM corrige les principaux reproches qui sont faits à l'encontre de la Super Duke. Le réservoir passe à 18,5 litres (lui offrant une autonomie théorique de 200 km), le carénage tête de fourche est redessiné pour offrir plus de protection, l'angle de chasse est augmenté pour plus de stabilité, les étriers de frein avant adoptent des fixations radiales.
Parallèlement, KTM présente la 990 Super Duke R. La selle est exclusivement monoplace. L'angle de chasse est plus resserré par rapport au modèle 2005, l'amortisseur arrière est rallongé. Cela a pour conséquence de basculer l'assiette sur l'avant, pour bénéficier de plus d'agilité, mais d'augmenter la hauteur de selle de 15 mm. Le freinage bénéficie des innovations de la Super Duke standard. L'amortisseur de direction est livré en série.
