Fils d'un représentant en vin du nord de la France, il suivit des études en zoologie et se spécialisa dans l'étude des crustacés, sous la direction d'Alfred Giard et au sein du Laboratoire de zoologie maritime de Wimereux.
C'est lui qui installa le laboratoire de pont du Français, le bateau construit par Jean-Baptiste Charcot pour sa première expédition au Pôle Sud[1].
En 1904, il fut atteint de démence à la suite d'une maladie incurable[2].
Gilles Candar, Les Souvenirs de Charles Bonnier : un intellectuel socialiste européen à la Belle époque, Villeneuve d'Ascq, Septentrion, , 279 p. (ISBN2-85939-634-9 et 9782859396343, lire en ligne), p. 17-19