En 2013, João Matias rejoint l'équipe continentale portugaise OFM-Quinta da Lixa. Il termine notamment cinquième du championnat du Portugal sur route espoirs (moins de 23 ans).
En 2016, il intègre le club amateur Super Froiz, en Galice[1]. Il repasse ensuite professionnel en 2017 chez LA Aluminios-Metalusa-BlackJack[2]. Actif sur route et sur piste, il devient champion du Portugal de poursuite.
En 2018, il est champion du Portugal de poursuite, puis il est titré l'année suivante avec Rui Oliveira sur la course à l'américaine. En 2020, il ajoute deux nouveaux titres nationaux à son palmarès : poursuite et course aux points.